專家指出,利用機器學(xué)習(xí)算法將臨床與分子數(shù)據(jù)結(jié)合,將成為“未來的潮流”。
一位病患走進醫(yī)生辦公室,開始接受膽囊CT掃描。膽囊健康狀態(tài)良好,但醫(yī)生注意到這位病人的胰腺上方有一個囊狀淤袋。醫(yī)生告訴他,這也許是個可能導(dǎo)致癌癥的囊腫,因此需要將其切除以確保安全。
醫(yī)生補充道,術(shù)后恢復(fù)可能需要三個月的時間,手術(shù)有50%的幾率引起并發(fā)癥,此外這位病患還有5%的機率在手術(shù)中失去生命。
據(jù)估算,美國每年約有80萬名患者被診斷出患有胰腺囊腫,而醫(yī)生一直沒有辦法確定哪些囊腫會真正引發(fā)致命癌癥,而哪些屬于良性情況。這種模糊不清的現(xiàn)狀,帶來了成千上萬次不必要的手術(shù):一項研究發(fā)現(xiàn),在接受囊腫切除手術(shù)的病人當(dāng)中,有高達(dá)78%的比例最終并沒有發(fā)生任何癌變。
現(xiàn)在,一種新的機器學(xué)習(xí)算法有望提供幫助。約翰霍普金斯大學(xué)的外科醫(yī)生與計算機科學(xué)家們?nèi)涨霸凇禨cience Translational Medicine》上公布了一項名為CompCyst(用于綜合性囊腫分析)的測試,該測試明顯優(yōu)于當(dāng)前的標(biāo)準(zhǔn)護理方法——即醫(yī)生觀察與醫(yī)學(xué)成像。其能夠更準(zhǔn)確地判斷患者可以直接回家、繼續(xù)觀察或者接受手術(shù)。
論文高級作者、約翰霍普金斯Kimmel癌癥中心胰腺囊腫項目主任Anne Marie Lennon在此項研究的新聞發(fā)布會上表示,“我們對結(jié)果感到非常興奮。”她希望在未來6到12個月內(nèi)為普霍金斯醫(yī)院的患者們提供測試,并計劃在完成更大規(guī)模的前瞻性臨床試驗后將其正式推向市場。
研究作者、Kimmel癌癥中心外科腫瘤學(xué)主任Christopher Wolfgang指出,絕大多數(shù)胰腺囊腫都是良性的,但現(xiàn)在醫(yī)生們投入大量精力對其進行跟蹤。“我們需要跟蹤所有患者,數(shù)量級在數(shù)十萬之巨,相關(guān)成本極為高昂而且在某些情況下甚至需要進行侵入性檢查,以發(fā)現(xiàn)那些可能會發(fā)展成癌癥的病例。”他同時補充稱,這種測試可能導(dǎo)致患者接受輻射照射并引發(fā)其它并發(fā)癥,更不用說巨大的精神壓力。
Lennon、Wolfgang以及其他研究人員開始構(gòu)建一種能夠篩查患者信息的工具,希望借此找到可區(qū)分低風(fēng)險與高風(fēng)險囊腫的模式。為此,他們從霍普金斯醫(yī)院的數(shù)百名患者及世界各地的15座醫(yī)療中心處收集數(shù)據(jù)。相關(guān)病患都被診斷出患有囊腫,并接受了切除手術(shù)。手術(shù)之后,他們檢查囊腫后續(xù)情況并將其分類為無風(fēng)險、低風(fēng)險或者可能癌變的高風(fēng)險情況。
該團隊的CompyCyst測試采用一種被稱為MOCA的機器學(xué)習(xí)算法對多變量組合變化組織進行分析。該算法將分子數(shù)據(jù)(包括DNA突變與染色體變化)與提取到的囊腫液以及成像測試中的蛋白質(zhì)信息相結(jié)合,以期給出更準(zhǔn)確的診斷結(jié)果。
該團隊利用來自436名病患的數(shù)據(jù)進行算法訓(xùn)練,而后在由426名患者數(shù)據(jù)構(gòu)建的第二組獨立數(shù)據(jù)集上進行測試。霍普金斯大學(xué)博士后研究員、論文共同作者Marco Dal Molin表示,該算法測試了數(shù)百萬個數(shù)據(jù)點組合,能夠以高靈敏度與高特異性預(yù)測出正確的治療途徑。
CompCyst在所有三類患者群體中的表現(xiàn)都優(yōu)于目前醫(yī)生所使用的標(biāo)準(zhǔn)治療方法:其正確預(yù)測出60%可以直接回家的患者(標(biāo)準(zhǔn)治療方法僅可預(yù)測出19%)、49%應(yīng)接受進一步觀察的患者(標(biāo)準(zhǔn)方法為34%)以及91%需要接受手術(shù)的患者(標(biāo)準(zhǔn)方法為89%)。
總體而言,研究人員估計如果使用CompCyst進行患者治療決策,那么其中60%至74%的患者(具體取決于囊腫類型)完全能夠免受開刀之苦。
論文共同作者、霍普金斯大學(xué)路德維希中心聯(lián)合主任兼腫瘤學(xué)教授Bert Vogelstein表示,將機器學(xué)習(xí)與臨床及遺傳特征結(jié)合起來將成為“未來的新浪潮,其不僅能夠診斷臨床胰腺囊腫,還能夠揭開多種其它疾病的神秘面紗。”
Vogelstein和另外兩位共同作者最近聯(lián)合創(chuàng)辦了一家名為Thrive Earlier Detection的公司,該公司已經(jīng)獲得CompCyst測試的商業(yè)發(fā)展許可。
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